La Cour des comptes a dénoncé dans son rapport sur l’application des lois de financement de la sécurité sociale les pharmacies « en surnombre » et « très [trop ?] bien rémunérées ». En effet, « les marges sur les produits remboursés ont dans l’ensemble progressé depuis une dizaine d’années, alors même que la croissance des ventes, l’élévation du prix des médicaments et le maintien à un niveau élevé des remises et marges arrière auraient dû permettre de les réduire », affirme Philippe Séguin, premier président de la Cour des comptes. Le niveau de marge sur les médicaments génériques serait également « excessif » puisqu’il peut « atteindre plus de 100 % du prix fabricant hors taxe. » La rue Cambon propose donc un « ajustement des marges en métropole pour accélérer les regroupements d’officines » et une « révision à la baisse des modalités d’incitation en faveur des génériques, à l’exception des spécialités pharmaceutiques nouvellement génériquées ». La Fédération des syndicats pharmaceutiques de France (FSPF) a aussitôt réagi, expliquant que « ce n’est pas par l’asphyxie économique du réseau que les officines [en surnombre] disparaîtront » et que « les mesures préconisées conduiront prioritairement à une déstructuration du réseau dans les zones les plus faiblement attractives, que ce soit en milieu rural ou dans les quartiers urbains sensibles ». Concernant la politique d’incitation en faveur des génériques, la FSPF rappelle qu’elle a « permis à l’assurance maladie de réaliser annuellement 1 Md€ d’économies pour un investissement limité à 150 Mns€ ».
Dernier problème relevé par la Cour des comptes : le « très fort développement des officines sous forme de Société d’exercice libéral (SEL) » permet de « distribuer des dividendes en lieu et place d’une rémunération de gérance », ce qui « conduit à échapper largement aux cotisations sociales ». Devant la « connaissance lacunaire de ces phénomènes d’évasion sociale », la Cour recommande d’« évaluer l’impact de la création des SEL sur les revenus des pharmaciens » et d’« inscrire dans la loi le principe d’assujettissement aux cotisations sociales des revenus mobiliers perçus dans le cadre d’une SEL ».